随着德尔塔（Delta）和奥密克戎（Omicron）等新冠变异株的出现，近期国内疫情形势再度紧张了起来，其中香港的疫情十分严峻，3月4日新增52523例确诊病例，新增136例死亡病例。
持续了两年多的COVID-19大流行仍未结束，人类与新冠病毒的斗争仍将继续。为了抗击新冠疫情，除了加速研发针对变种病毒的疫苗和特效药之外，对新冠病毒进行溯源也是十分重要的工作。
近日，中国疾病控制预防中心主任高福院士团队在预印本平台 Research Square 发表了一份有关武汉华南海鲜市场新冠病毒来源的最新报告——Surveillance of SARS-CoV-2 in the environment and animal samples of the Huanan Seafood Market。
这份报告公布了2020年初从华南海鲜市场采集到的1380份样本的SARS-CoV-2检测结果：73份环境样本新冠检测阳性，大多来自市场西区，且与人群密集度呈正相关；来自18个物种的457份动物样本均为阴性。
这些结果表明，武汉华南海鲜市场的新冠病毒很可能来自于流动的人群，而不是市场上贩卖的动物。研究团队表示，武汉华南海鲜市场并不是新冠病毒的起源地，早期疫情的爆发更可能是新冠病毒携带者和后续被污染的环境所致。
目前该论文正在接受同行评议，可能将在 Nature 及其系列期刊正式发表。
武汉华南海鲜市场与早期新冠疫情
武汉华南海鲜市场位于武汉市江汉区，距汉口火车站仅800米，占地50000平方米，市场分为东西两区，东区主要贩卖家禽，西区贩卖海鲜和动物。在疫情爆发之前拥有678个摊位，非常拥挤。
市场中有10个摊位出售野生动物，其中8个位于西区的西南角，2个位于东区的西北角。根据销售记录，2019 年 12 月底这些商铺出售的野生动物包括蛇、禽类（鸡、鸭、鹅、野鸡和鸽子）、梅花鹿、獾、兔子、竹鼠、豪猪、刺猬、蝾螈、大鲵、湾鳄和暹罗鳄等，其中蛇、蝾螈和鳄鱼存在活体交易。
2019年12月底，武汉华南海鲜市场因爆发“不明病因的肺炎”而进入公众视野，因此，武汉华南海鲜市场也一直被认为是“新型冠状病毒的发源地”，甚至被一些媒体利用并在抹黑中国。
然而，最近来自不同国家的研究表明，SARS-CoV-2的传播早于最初发现病例数周，部分疑似阳性样本的发现时间甚至早于武汉首例病例，由此击碎了“新冠病毒起源于武汉华南海鲜市场”的谣言。
阳性结果均来自环境样本，而不是动物样本
在这项最新的调查研究中，为了调查武汉华南海鲜市场的新冠病毒传播链，中国疾病预防控制中心派出了流行病学小组，与湖北省疾控中心和武汉市疾控中心的专家一起前往该市场进行采样研究。
2020年1月1日至2020年3月2日，研究团队采集市场内外不同地点环境样本923份，动物样本457份，共计1380份样本。
RT-PCR检测结果表明，在市场内外采集的923份环境样本中，核酸检测阳性73份，阳性率为7.9%，其中64份（64/828；7.7%）从市场内部采集。在这64份从市场内部采集的阳性样本中，87.5%（56/64）是在市场西区采集的。
在市场内采集的110份污水或污水井样本中，24份污水样本为阳性，而4份污水井样本均呈阳性。值得注意的是，武汉市其他市场的30份污水井样本中也有1份检测呈阳性。此外，在14份从华南海鲜市场的仓库中采集到的样本中，有5份阳性。
与之相对，在采集到的457份动物样本（包括18个物种、188只动物个体）中，核酸检测结果均为阴性。这表明华南海鲜市场中被SARS-CoV-2感染的动物可能比较少见，贩卖野生动物并不是导致早期新冠疫情爆发的直接原因。
综上所述，SARS-CoV-2在2019年12月之前很可能已经在市场内传播了一段时间，特别是在西区。此外，研究者还发现，武汉华南海鲜市场环境中的新冠病毒丰度与人群聚集度密切相关。
因此，研究者推测，新冠病毒很可能是随着携带者进入市场，并通过被污染的污水进一步在市场内扩散传播。
活病毒分离、序列比对和谱系分析
为了确定武汉华南海鲜市场中是否存在活病毒，研究人员将采集到的27份阳性环境样本接种到Vero E6和Huh7.5细胞等细胞系中，并从F13、F54和B5样品中分离到活病毒，其中F13和F54样本来自确诊患者所在的摊位，由此证实市场环境中存在高滴度的活SARS-CoV-2。
研究人员进一步通过全基因组高通量测序获得了SARS-CoV-2完整基因组序列，从环境样本F13和F5中直接获得的病毒序列与参考毒株HCoV/Wuhan/IVDC-HB-01（WH01）基因相似度达到99.993%，与Wuhan-Hu-1（GenBank： NC_045512）序列完全一致。相比之下，F54样本经接种培养后病毒发生了两个以上的同义突变，与WH01相比，序列一致性为99.987%。
值得注意的是，此前有学者将SARS-CoV-2分为两种早期演化谱系——S（8782T； 28144C）和L（8782C； 28144T），其中S谱系更为古老。这份报告显示，从武汉华南海鲜市场环境样本中分离到的病毒株大部分属于L谱系，但环境样本A20属于S谱系。
这意味着，在武汉华南海鲜市场传播的新冠病毒已经经过一定程度的变异和演化，区别于最原始的S谱系病毒株，进一步证实武汉华南海鲜市场并非新冠疫情的源头。（
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